Erkekte cinsel ilişki sırasında duyulan ağrının hemen her zaman fiziksel bir nedeni vardır; psikolojik sorunlar ağrı yerine sertleşme güçlüğüne yol açar. Erkekte cinsel ilişkde ağrının yaygın nedenleri şunlardır.

Peniste yaralar

Sert ya da uzun süreli cinsel birleşme penis başında ya da sünnet derisinde küçük yaralara neden olur. Enfeksiyon bunların iltihaplanmasına ve ağrı yapmasına yol açar.Sonuçta cinsel ilişkide ağrı ve acı olur

Sünnet derisi darlığı

Sünnet olmamış erkekler bazen sünnet derisini geriye çekmekte zorlanır ve sertleşmeyle bu alan dar gelir ve ilişkide erkeğe ağrı verir. Sünnet derisinin arkasındaki alanın temizliği de zor olabilir ve bunun sonucunda gelişen bir penisteki enfeksiyon ağrıyı daha da artırır. Bu sorun sık sık yaşanıyorsa zaman kaybetmeden sünnet düşünülmelidir.
Sünnet derisi darlığına bağlı seyrek görülen bir komplikasyon da parafimozis hastalığıdır. Parafimozis  durumunda erkek sertleşmeden sonra sünnet derisini geriye çekemez. Sünnet derisi dar bir bant gibi penisi sıkı bir şekilde  sararak şişmeye ve ağrıya neden olur. Bu durumda derhal bir acil servise başvurulmalıdır; ihmal edilirse bu durum peniste kalıcı hasara yol açabilir.

Erkekte genital bölgede enfeksiyonlar ve deri reaksiyonları

Genital herpes enfeksiyonu penis üzerinde ağrılı, kaşıntılı kabarcıklara neden olur; birkaç gün sonra bu kabarcıklar patlar ve kabuk bağlar. Genital siğiller(kondilom) deri üzerindeki küçük karnabaharlara benzer yapılar oluşturur.
Özellikle eşlerinde mantar olan erkeklerde de zaman zaman mantar (kandida albigans) gelişebilir ve penis başında tahriş, kızartı, bazen de şişmeye neden olur. Sünnet derisinin altında kalın beyaz, yapışkan  bir akıntı toplanabilir.
Belsoğukluğu ve etkeni belirlenemeyen (non-spesifik) üretrit idrar yolunda yanma ve akıntıya yol açtığı gibi idrar yaparken ve boşalma sırasında ağrıya da  sıklıkla neden olur. Bu genital enfeksiyonlardan birinden kuşkulanılırsa, hastaneye ya da ürologa başvurularak tam bir genital kontrolden geçilmelidir.
Latex alerjisi, bazı erkeklerde sıradan prezervatiflerde kullanılan lastiğe ya da kayganlaştırıcıya karşı alerji olabilmektedir. Günümüzde büyük firmalar hipoalerjik prezervatifler de üretmektedirler. Ayrıca bazı erkeklerde masaj yağı, banyo köpüğü, duş jeli ya da sabun da peniste alerjik deri reaksiyonlarına neden olabilir.

Penis duyarlılığı

Bazı erkeklerde boşalma sonrasında penis başında öylesine yoğun bir duyarlılaşma gelişir ki erkekejekülasyondan yani  boşalmaktan korkar. Bazı genç erkeklerde de torbaların kasılmasını sağlayan kremaster kası fazla çalışır ve cinsel ilişki sırasında spazm tarzında ağrıya neden olabilir. Boşalmadan uzun süre uyarılmış kalma da kasıklarda zonklayıcı tarzda ağrı yapabilir.

Priapizm

Priapizm penisteki sertleşmenin saatlerce geçmemesi ve ağrıya neden olmasıdır. Yani penis devamlı olarak sert halde kalır.Kalıcı hasar gelişebileceği için, derhal acil servise başvurulmalıdır.Tedavisinde genellikle bir operasyon gerekebilmektedir.

Peyronies Hastalığı ,Peniste Sertlikler

Sertleşince penisin bükülmesine neden olan doğumsal bozukluklar da ağrıya neden olabilir. Peyronies hastalığı, eğilimsel olarak orta yaşta erkekleri etkileyen iyi huylu bir hastalıktır. Tam nedeni bilinmemektedir. Süngersi oluşumlar boyunca, çevresindeki dokular gibi elastik olmayan sert dokular "plaklar" oluşur, ki bunlar bir ereksiyon , sertleşme halinde penisin bir yana doğru eğilmesine neden olmaktadır. Zaman zaman ağrılı da olabilen bu hastalık ereksiyon ve sertleşme sorunlarında da yol açabilir. Sertlikler, bir muayene sırasında hissedilebilecek şekilde penisin yüzeyinde görülür.