Erkek anatomisini tam olarak bilmeden erkekteki cinsel fonkisyon bozukluklarını ve cinsel hastalıkları değerlendirmek ,anlamak mümkün değildir. Erkekte Penis ve Scrotum  dış genital organları yaparlar.İç genital organlar ise  Testisler, Epididymis, Ductus deferens, Vesicula seminalis ve Prostat tarafından oluştururlar.

Penis (Kamış)

Penis anatomik olarak  silindirik bir yapıdadır. İki önemli görevi üstlenmiştir. Biryandan çiftleşme, öte yandan is idrarı dışarıya atma işlevi bu organ tarafından sağlanır. İdrar yolunun son kısmı, penisin yapısı içinde bulunur. Çiftleşmenin normal foksiyonel olarak yapılabilmesi için penis özel bir yapıya sahip olmuştur. Genital organ olma özelliği ancak ergenlikten sonra kazanılır. Erişkinde uzunluğu olağan duruşu ile (yumuşak hali) ereksiyondaki duruşu (katı hali) arasında farklılık gösterir. Normal konumda serbest bölümü 6-8 cm iken ereksiyonda 12-14 cm'e çıkar. Üzerini kaplayan deri ince ve nispeten kılsızdır. Derin fasya tabakasına gevşek olarak tutunması nedeniyle hareketlidir. Deri altı yağ dokusu yoktur. Bu durum, kişinin ağırlığında oluşan değişikliklerin penis kalınlığına yansımamasını açıklar.

Cavernos yapılar sayesinde erkekte  penisin ereksiyonu sağlanır. Ancak bu yapının yanı sıra peniste bir de spongios  yani süngerimsi kısım vardır. Kavernos bölümündeki küçük boşlukları birbirinden ayıran duvarlar düz kas ve elastik liflerden çok zengin bir yapı gösterir. Kavernler arasındaki bölmeler üzerinde küçük delikler bulunur. Penisin ereksiyonunda bu odacıklar (caverna) bu aralıklar vasıtasıyle birbirleri ile bağlantı sağlarlar. Odacıklara dolan kanın, sirkülasyonu da bu vasıta ile sağlanır.

Penis in  yapısının diğer bölümünü oluşturan süngerimsi (spongios) kısım yine esas itibariyle boşluklu (kavernos) bir durum gösterir. Buna rağmen, kavernos yapının fonksiyonel tarzını tam olarak ortaya koyamaz ve ereksiyon olayında da önemli bir görevi bulunmaz. Burada en önemli özellik, penisin ereksiyon durumunda dahi, spongios bölümün odacıklarına gelen kanın, venlere doğru akışını  da sürdürmesidir. Bu kısım içinde idrar yolunun son parçası da yer alır. Spongios bölümün genişleyen ön ucu glans penis'i yapar. Penisin serbest olan ve dıştan da görünen kısmı, glans penis ve dorsum penis olmak üzere ikiye ayrılır. Penis'in radix (kök) kısmı ise dışarıdan görünmez. Penisin serbest olan bölümü (pars libera penis) içinde idrar yolu (urethra) uzanır ve glans penis'in ucundaki delik ile (ostium urethrae externum) sonlanır. Penisin serbest kısmının büyük bölümünü kavernos yapılar meydana getirir. Daha dar bir yapı halinde, iki kavernos bölüm arasına ise spongios parça oturur.

Penis derisi önde serbest olarak gözlenen bir bölüm ile sonlanır. Bu kısım glans penis üzerinde hareketli bir durum gösterir. Sünnet derisi (praeputium) denilen bu kısmın alt yüzünde toplanan birtakım ölü hücreler veya maddeler, temizliğin iyi yapılmadığı durumlarda praeputium iltahaplarına sıklıkla yol açar.

Scrotum (skrotum,torbalar)

Skrotum erkekte uylukta aşağıya doğru sarkan bir torba gibidir. Embryonal, anne karnındaki dönemde aynı kaynaktan gelişen yapılar erkekte scrotum, kadında ise labium majus olarak teşekkül eder. Bu organlar analog yapılardır. Scrotum duvar yapısı ile özellik gösterir. Karın ön duvarının yapısını meydana getiren bütün yapıları, skrotum'un duvar yapısında görebiliriz. Torba şeklindeki bu yapı içinde testisler bulunur. Sağ ve sol testisleri içine alan kısımlar ortadan bir bölme (septum scroti) ile iki ayrı kese oluşmuşlardır.

Scrotum duvarının yapısı içinde, özellikle düz kas liflerinden meydana gelmiş ve aynı zamanda elastik lifler de taşıyan tabaka fonksiyonel öneme sahiptir. Bu tabakadaki kas liflerinin kasılmaları ve gevşemeleri ile, scrotumda küçülme ve gevşeme gibi durum değişiklikleri görülür. Bu durumda, özellikle sıcak ve soğuk ortama göre scrotum şekil değişikliği gösterir. Böylece scrotum içindeki sıcaklığın ayarlanması mümkün olur. Çünkü; normal olarak, scrotum içi ısısı, karın içi ısısına göre 2-2,5 derece kadar daha düşüktür. Bu ısı şartlarının testislerin normal fonksiyonları için aynı kalması gereklidir.

Testis (Orchis)

 Testisler 2 tanedir ve erkek iç genital organlarındandır. Çok hassas yapıları vardır. Basınca dayanamazlar ve fonksiyonlarını yitirirler. Burada üreme hücreleri ve önemli erkeklik hormonu yapılır. Scrotum içinde, bir bölme ile birbirlerinden ayrılmış olarak bulunurlar. Aşırı sıcak ve soğuğa karşı da çok fazla  hassastırlar. Normal olarak gelişimini tamamlamış bir erkekte scrotumların içinde bulunmaları gerekir. Ancak; bazen çeşitli nedenler ile, ya karın içinde veya inguinal kanalda kalırlar. Bu durumda testislerin iç yapılarında (tubuli contorti) önemli bozulmalar ortaya çıkar. Sonuç olarak da, normal spermium yapılamaz. Bazı hallerde ise; normal olarak testisler yerlerini almış olabilirler. Fakat, bu defa scrotumlara kadar ilerleyen iç organ fıtıklarında, testisler yine basınç altında kalacağı için, yukarıda belirtilen sonuç ortaya çıkar.

Epididimis (Epididymis)

Burası, spermlerin dışarıya iletilmesini sağlayan yolun başlangıcını oluşturur. Testislerin arka yüzünden başlayarak, konkav yüze doğru devam eder. Karşıdan bakıldığında bir virgül gibi görünüş ortaya koyarlar. Bütünlüğü içinde; ba ş(caput), gövde (corpus) ve kuyruk (cauda) olmak üzere üç bölümde incelenir. Oluşumun esas yapısı, testislerden gelen ince spermium kanalcıkları ve daha sonra bu kanalcıkların birleşerek meydana getirdikleri kuyruk kısmıdır. Epididymis, hazırlanmış olan spermler  için bir toplanma yeridir.

Spermium Kanalı (Ductus deferens)

Yaklaşık olarak 40-50  cm kadar bir uzunluğu vardır. Epidimisin kuyruk kısmının ucundan başlar ve testisin arka kenarı boyunca yukarıya doğru yükselir. Bir bölümü hariç, esas görevi spermlerin nakline hizmet etmektir. Duvar yapısı itibariyle önemli kısmı kas tabaka oluşturur.
Her iki yanda başlayıp, scrotumlardan yukarıya doğru yükselen ductus deferens'ler, yukarıya ve geriye doğru bir gidişile canalis inguinalis (kasık kanalı) içine girerler. Kanaldan sonra pelvis boşluğuna dahil olurlar. Yollarına devamla, prostat içinden geçip idrar kanalına (ürethra) açılarak sonlanırlar.

Meni Keseciği (Vesicula seminalis)

Prostat ile birlikte erkek cinsel organlarının aksesuar oluşumudur. İdrar kesesinin arka-alt yüzü ile, makt-rektum'un ön yüzü arasında bulunur. Küçük bir kese şeklinde oluşmuş, bir çift organdır. Uzunlukları yaklaşık 4-5 cm, genişlikleri ise 2-3 cm kadardır. Karşıdan bakıldığında, tabanı yukarıda, tepesi aşağıda küçük bir yaprak şeklinde görünüm ortaya koyarlar. Meni keseciği adı altında belirtilmesine rağmen, burada oldukça az miktarda meni depo edilir.
Esas itibariyle salgı yapan bir organdır. Bunların yapmış oldukları salgı, spermlerin canlılığı için gereklidir. Meni kesecikleri , spermleri nakleden ductus deferens'lerin sonuç kısımları ile dar bir boyun şeklinde birleşirler ve tek bir kanal haline geçerler. Bu birleşmeden sonra oluşan yeni kanala ductus ejaculatorius denir. Bu kanal, yaklaşık 2 cm kadarlık bir uzunluk ile prostat'ı geçer ve idrar kanalı (urethra) na açılır. Bundan sonra erkeklerde idrar yolları ile meni yolları tek ve müşterek olarak devam eder.

Prostat

Prostat kestane şeklinde olup, ürethra'nın arka kısmına oturmuştur. Bu şekilde kanal ile sıkı bir komşuluk içindedir. Arkadan ise rektum ile komşuluğu vardır. Sağlam yapılı bir kapsül ile çevrilmiştir. Asıl yapısı içinde bol miktarda düz kas ihtiva eder. Salgılarını ürethra'ya akıtan, 20-25 adet bezin birleşmesi ile prostatın esas yapısı ortaya çıkar. Bunların yapmış oldukları salgı diğer adı ile meni, ince akıcı bir sıvıdır.